Ümummilli liderimiz Heydər Əliyevin tarixi qayıdışından sonra ölkədə hazırlanan və həyata keçirilən strateji xətt təhsil müəssisələrini normal fəaliyyət halına gətirməklə, təhsilin milli tərəqqimizin həqiqi, güclü amilinə çevrilməsi üçün bu sahədə geniş islahatlar proqramının işlənib hazırlanması və həyata keçirilməsi vəzifəsini irəli sürdü. Ümummilli lider 1998-ci ilin martında "Azərbaycan Resrublikasında təhsil sahəsində islahatlar üzrə Dövlət Komissiyası yaradılması haqqında" sərəncam imzaladı.
Ümumi təhsildəki ən ciddi yeniliklərdən biri müstəqilliyimizin yaşıdı olan yeni əlifbaya keçilməsi - latın qrafikalı əlifbanın tətbiqinin reallığa çevrilməsidir.
Ali təhsil sahəsində yeniliklərdən biri də "Azərbaycan Respublikasında təhsil sisteminin təkmilləşdirilməsi haqqında" Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 13 iyun 2000-ci il tarixli fərmanı ilə ölkənin 4 aparıcı ali məktəbinə - Bakı Dövlət Universiteti, Azərbaycan Dövlət Neft Akademiyası, Azərbaycan Tibb Universiteti və Azərbaycan Kənd Təsərrüfatı Akademiyasına maliyyə müstəqilliyi, bir neçə ali məktəbə isə "Universitet" statusu verilmişdir.
AMEA 1993-cü ildən Kiyev şəhərində təsis edilmiş Elmlər Akademiyasının Beynəlxalq Assosiasiyasının üzvüdür.
Ümummilli lider Heydər Əliyevin 15 may 2001-ci il tarixli fərmanı ilə Elmlər Akademiyasına Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyası adı verilmiş və bununla da akademiyanın elmimizin inkişafında əldə etdiyi nailiyyətlər, Azərbaycan xalqının mədəni və mənəvi təşəkkülündə oynadığı rol, respublika ictimaiyyətində olan nüfuzu və akademik elmin ölkənin inkişafının əsas təminatçılarından olduğu fikri bir daha təsdiqlənmişdir.
Müstəqillik illərində Səhiyyə Nazirliyi sistemində də ardıcıl və məqsədyönlü iş görülmüş, islahatlar aparılmışdır. Bu işdə ilk əvvəl səhiyyənin hüquqi-nomativ bazasının təkmilləşdirilməsi və dünya standartları səviyyəsinə qaldırılması daim diqqət mərkəzində olmuşdur. Həmin məqsədlə bir sıra qanunlar ("Əczaçılıq fəaliyyəti haqqında", "Özəl tibb fəaliyyəti haqqında", "Tibbi sığorta haqqında" və s.) işlənib hazırlanmış və Milli Məclis tərəfindən təsdiq edilmişdir.
Səhiyyədə aparılan islahatlar çərçivəsində əsas nailiyyətlərdən biri də özəl səhiyyə sisteminin tətbiq edilməsidir. Bu istiqamətdə hüquqi-normativ baza yaradılmış, "Özəl tibb fəaliyyəti haqqında" Azərbaycan Respublikasının Qanunu qüvvəyə minmişdir
Azərbaycanın müstəqilliyinin bərpası suveren ölkənin beynəlxalq aləmə inteqrasiyasına, planetimizdə baş verən qlobal hadisələrə münasibət bildirməsinə, beynəlxalq təşkilatlarda təmsil olunmasına, həmin təşkilatların keçirdiyi mötəbər tədbirlərdə iştirakına real hüquqi əsaslar verdi. Azərbaycan bütün sahələrdə, o cümlədən də idmanda beynəlxalq arenaya çıxmağa imkan qazandı. İdmançılarımız dünya və Avropa çempionatlarında, beynəlxalq yarışlarda öz ölkələrinin bayrağı altında çıxış etməyə başladılar.
Hər hansı ölkədə onun kifayət qədər ardıcıl və məqsədyönlü inkişafı idman ənənəsi, idmanla məşğul olmağa şərait və imkan, idmançılara münasibət, idman mütəxəssislərinin yetişdirilməsi, yarışların təşkili və keçirilməsi, idmançıların beynəlxalq yarışlarda iştirakının təmini, idmanın təbliği, kütləviləşdirilməsi kimi amillərdən çox asılıdır. Belə amillər cərgəsində dövlətin idmana münasibəti özünəməxsus yer tutur. Çünki bu münasibət özü-özlüyündə qeyd olunan məsələlərin müəyyən qisminin həllinə bilavasitə təsir göstərir